之前我们曾经确定包含了重复序列的区域可被称为上海亲子鉴定扩增子（。mplicons)，它是由长的内染色体重复序列构成的，每一个扩增子都具有很少的序列变异。692然而，就是这些很小的上海亲子鉴定序列变异曾经被用于确定MSY773的物理图谱，现在MSY 已经发展为完整的MSY DNA 序列。Y染色体独特的染色体结构与缺乏互换有一定关系，并且基因变换的高出现率表明，Y染色体序列变异可能与其他染色体有着显著的差异。基因本身具有大量不同的多态性，这些基因多态性非常适合用于基于PCR的分析，多态性包括单核苷多态性（SNPs)、微小卫星和微卫星，等等9Job』ing仙】估计，在当代人类种群中碱基替换的上海亲子鉴定数量高达数千个。这个估计是根据Hammer388的研究外推而来的，Hammer在16个个体的2.6kb区域中已经发现了3个碱基替换现象。高度多态性的特征，使用上海亲子鉴定PCR获得的复用能力以及分析的便利性使得短串联重复序列(STR)分析方法成为当前偏重于SNPs的法医学DNA图谱绘制的首选方法。