突变Y染色体是沿着上海亲子鉴定父系血统进化的，并且仅仅通过突变的过程来积累基因的多样性。据推测，由于遗传和文化性因素等方面的原因，血统是以成簇的方式在人类种群中分布的。440Y染色体单倍型的父系血统性减少了它们在一般种群中的多样性。这种效应被添加到一个较小的有效种群尺寸上，因此基因漂移的速度更快了。Y染色体的有效种群规模是常染色体有效种群规模的1/4，是X染色体有效种群规模的1/3，①但是和mtDNA的有效种群规模是相同的。Y染色体最近的共同先祖出现的时间目前被认为是大约90 000 年前，而mtDNA 最近的共同先祖出现的时间被认为是大约240 000 年前。这两个估计值均存在着大量的上海亲子鉴定不确定性。我们可以通过男性在繁殖成功率上具有上海亲子鉴定较高的方差，通过较高的迁徙率，或者通过选择这三种方式，对Y染色体树的本质进行比较粗浅的解释。