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分析人类全基因组大小间隔DNA片段基因组结构变异

      CNV的人群研究随着分子生物学技术的上海亲子鉴定发展,基因组研究已从探索基因的特殊位点发展至盒基因组扫描。Iafrate等(2004)运用BAC基因芯片和比较基因组杂交技术,对人类全基因组大小间隔lMb的DNA片段进行克隆,在5个人群39名无血缘健康个体中共证实了255个DNA片段俏点存在连锁不平衡遗传模式,大多数的CNV存在于lp13.3,进一步的高通量荧光原位杂交技术证实此区域变异大小为150~425kb。Sebat等(2004)在9个人群20个无血缘个体中扩增BglⅡ-片段,杂交后运用上海亲子鉴定微阵列技术(representational o」igonucleotjde microarray analysis,)分析人类全基因组大小间隔35bp的DNA片段,研究运用3个连续性寡核苷酸截止标准检测DNA平均长度,共发现76个222kb及】个465kb的DNA片段。随后,Tuzun等(2005)运用电子策略比较两组不同种族人类基因组DNA序列,共发现241组CNV,其片段大小为8~40kb,其中大多数CNV 是在先前的研究中未曾探测到的DNA片段。这项电子策略与先前的a 萝方法相比,其主要优势在于既可发现其f 其他形式的基因组结构变异,亦可发现多种配对末端序列排列方向的一致性差异。项研究均探明,CNV常位于已知的染色体复制片段的附近,少见孤立存在。Sharp等(2005)运用包含人类基因组已知复制片段区域的DN克隆定制芯片,对7个人群47名无血缘个体分析后发现119个CNV,其中疏与先前的研究所检测到的CNV重叠。Liu等(2007)利用来自于4个前列腺癌家歹23个个体近116 000个SNP基因型数据,运用Affymetrix 100K基因芯片检测胚系细胞CNV的类别和频率,结果发现,在上海亲子鉴定基因组中大于100kb的CNV少见,但大小介于100-1000bp的CNV普遍存在。

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