基因组范围内的DNA甲基化状态扫描方法5-mC占基因组胞嘧啶数的百分比(5-mC％）可作为一个粗略评定基因组甲基化状态的指标。将样品亲子鉴定DNA通过酶解或氢氟酸盐等水解为单碱基后，经高效液相(HPLC)或高效毛细管电泳(HPCE)等方法分离，对胞嘧啶和5-rnC进行曲线下面积积分，通过计算[5mC/(5mC+C)]即可获得5-mC％，但这一指标的法医学应用价值有限。对全基因组DNA甲基化状态的检测方法多是基于MSRE或MeCP。基于MSRE的方法包括限制性标记基因组扫描(restriction landmark ge-）、甲基化敏感性限制性指纹图、内部甲基化位点扩增技术）等多种RLMG是采用稀有切点的甲基化敏感限制性内切核酸酶Not I 酶切后进行二维电泳，可对约so％的基因组CpG 岛进行扫描，MSRF是采用Mse I 、BstU I 等对基因组酶切后用10碱基的随机PCR引物进行扩增，这两种方法往往伴随着大量的后续鉴定工作.

       AIMS采用的是可识别同一序列但甲基化敏感性不同的限制性内切核酸酶（如前文提到的HpaⅡ-MspI）对基因组进行酶切后，加入接头序列进行连接反应，接头序列包含通用引物序列，可进行亲子鉴定PCR扩增。AIMS扩增条带的复杂程度较前两种方法显著降低，可直接进行克隆测序。Khulan等(2006)基于HpaⅡ-Mspl限制性内切核酸酶对的特性对AIMS进行了改良，称之为HELP (Hpa II tiny fragment enrichment by 」igation-mediate‘PCR)， 该方法是将HpaⅡ和Msp l酶切后亲子鉴定接头引物的扩增产物分别采用不同荧光进行标记，随后进行芯片杂交检测.

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