RFI，P分析要求所选择的限制酶活性稳定。上海亲子鉴定法医学鉴定常用的限制酶有Hinf工、HaeⅢ和Pstl等。各种限制酶的最适反应条件各不相同，通常生产厂家会提供反应缓冲液，并在产品说明书上写明反应条件。酶反应体系一般以Tris-HCl(pH 7.4)为缓冲体系。上海亲子鉴定限制酶需要Mg2+离子的激活。酶用量按照每lvg样本DNA用酶3～5 U设链。反应温度通常为37℃，酶切时间3～5h。

    样本DNA必须被完全酶切，否则将会影响分型结果。导致基因组DNA酶切不完全的常见原因有：酶活性下降、样品DNA不纯、含有酶活性抑制物、反应体系配制不当、酶用量偏少、反应时间不够等。限制酶消化不完全的样本DNA必须重新酶切。