实践证明，与上海亲子鉴定传统STR分型相比，miniSTR在检测极微量及严重降解生物检材时具有较大的优势。为了保持良好的DNA数据库兼容性，目前大多数mini STR分型仍选用传统STR商品化试剂盒包含的基因座。现有的商品化miniSTR 复合扩增系统主要有PowerPlex~S5系统（Amelogenin、D18S51、D8S1179、TH01 和FGA，灵敏度为50pg DNA) 及AmpFl STR~ MiniFiler 系统(AmeIo-genin、D13S317、D7S820、D2S1338、D21Sll、D16S539、D18S51、CSFIPO 和FGA，灵敏度为62pg DNA)。除了CODIS遗传标记系统及目前用于法医DNA分析的其他基因座外，一些等位基因较少、片段长度范围较窄的新基因座也通渐被选用于构建垃iniSTR分型系统，以增加上海亲子鉴定复合检测的基因座数目，进一步提高识别能力。表1-9列出了Vallone等(2009)公布的经过验证的26个rrun-iSTR基因座及其相应的法医学参数。表1-10列出了这26个minjSTR基因座在各类标准DNA中的分型结果。然而，miniSTR分型在实际应用中也存在一些局限性，主要体现在以下几个方面。1)因扩增片段长度的限制，构建复合扩增体系时只能同时扩增较少的基因座（通常每种颜色的荧光标记的基因座一般不超过两个)。要想达到与传统商品化试剂盒相近的个人识别能力，必须增加复合扩增的次数。2)miniSTR引物与传统STR引物结合区之间若存在碱基的缺失或插入，易导致miniSTR与传统STR分型结果不一致。例如，D13S317基因座核心重复序列(TATC)下游24bp处有时会出现(TGTQ)4bp的缺失，miniSTR反向引物位于核心重复区与潜在碱基缺失位置之间，而传统D13S317分型反向引物位于潜在碱基缺失位置的下游，若待测样本存在4bp缺失，则两者的分型结果会相差】个重复单位。因此，新设计的miniSTR分型引物必须与传统STR分型进行一致性研究。3)若某些STR上海亲子鉴定基因座核心重复区上游或下游侧翼序列存在嘌呤或嘧啶碱基堆积现象，则不利于miniSTR引物设计。4)当PCR扩增产物过小时，未消耗引物上的染料分子或称“染料污斑”(dye blob) 可使产物峰变宽、信号变弱，这种影响在检测降解生物样本时更为明显。

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