已经知道尸骸分解产物的提取物造成的污染能对随后的上海亲子鉴定PCR产生抑制作用。Pusch等629对潜在的抑制剂进行了总结。这些提取物包括美拉德反应产物、卟啉类化合物剩余物、降解的核酸、腐殖酸和富里酸、丹宁酸和铁离子等土壤成分，特别是降解的人体】型胶原等物质。正常来讲，组织样本需要进行额外的处理之后才能释放DNA，并且要获得DNA还必须对细胞碎片和其他分解产物进行精炼。最常用的方法是在使用苯酚或者苯酚/氯仿对样本进行有机净化之后使用一种加了缓冲液的溶液，溶液中包含K型蛋白酶、SDS和DTT。使用乙醇进行沉淀或者微滤处理会进一步提纯DNA。对上海亲子鉴定样本进行处理并提纯DNA还有其他方法并已经得到发表，所有这些方法的设计目的都是为了最大限度地恢复样本并将抑制性分解产物降至最低。