在仅给出“最佳估计方法”的刑事案件中存在的一个问题是，这个最佳估计方法会立刻导致在法庭中对该上海亲子鉴定方法中存在的固有不确定性展开法律辩论。假如分析人士在这个辩论中准备不足，那么他她可能会处于尴尬之中，似她可能表现得很不科学并给人留下准备不足的印象。为了针对这个辩论做好充分的准备，他/她必须对如下两种类型的不确定性进行评估：来源于种群基因模型的不确定性和由上海亲子鉴定采样不确定性引起的不确定性（后者包括了最小等位基因概率)。下一个需要考虑的事实是，可以对采样不确定性和最小等位基因概率进行处理的鲁棒性的方法论是存在的。本章已经对这些方法进行了总结。这些方上海亲子鉴定法的行为是已知的，并且对它们的使用持支持态度的人非常多。我们知道有两个中间的方法，这两个中间方法就是实验室针对等位基因概率使用的保守的们宜和平均估计值。