反过来，在同一个染色体上紧密连锁的亲子鉴定基因座可能处于连锁平衡状态（或者接近连锁平衡)。事实上，染色体上的位置和基因座之间独立性的状态二者之间并不存在绝对的关系。然而，作为一个概括，Hudson42】注意到“在自然种群中，典型的松散连锁的基因座可被观察到处于接近连锁平衡的状态……反过来，相当紧密连锁的基因座则通常表现出某些连锁不平衡的症候”n 针对块状结构(block-like)连锁不平衡的证据越来越多。这种情况暗示了染色体组的一些区域是紧密连锁的而其他区域则是不连锁的。通过热点重组(hot spot) 我们可以明显制造出这种结构，但有趣的是，不通过热点重组，我们也可以制造出亲子鉴定这种结构。882 总而言之，随机交配的缺乏，特别是带有不同等位基因概率的子种群的存在，会造成Hardy-Weinberg和连锁不平衡。不同子种群的比例和这些子种群在等位基因概率上的差异将影响这种不平衡的枢度。不同子种群之间在等位基因概率上的差异越大，则最终的不平衡幅度越大。