连锁和连锁平衡HWE描述了在一个亲子鉴定基因座上等位基因之间互相独立的属性和状态。连锁平衡则描述了在不同基因座上等位基因之间互相独立的属性和状态。导致HWE的同一个假设集合，外加需要经过无限世代这一附加要求，这两个条件可以导致连锁平衡。Geiringer33'使用三个基因座对这个结果进行了归纳概括，对于任何数量亲子鉴定基因座的更一般概括，则由Bennett给出54。然而，我们知道HWE是通过一个世代随机交配实现的，连锁平衡则不可能实现得这么快。严格来讲，连锁平衡状态是渐进到达的，不经过无限世代就不可能到达这个平衡状态。但是，对于非连锁基因座来说，通过亲子鉴定每一代随机交配，可对平衡点的距离进行二分；对于连锁基因座来说，通过一个因子l -r (这里r是重组因子），也可对与平衡点的距离进行二分。