等位基因的长度应该为90 -500bp。通常上海亲子鉴定等位基因的相对分子质量越高，测量它们时的准确度越低。较小的等位基因一般受样品腐败的影响较小，因而被弃置不用的可能性更低。要基于染色体的位置来选择STR基因座，以便确保那些具有连锁关系的STR 基因座不被选择上。表1.1列出一些常见的染色体STR基因座在染色体中的位置。关于上海亲子鉴定STR基因座定位的命名，有一套命名系统可用作快速的指导，例如，在5号染色体上开始的点，就称为D5。