每个上海亲子鉴定测序循环包括：①PCR扩增制备的模板DNA变性成单链形式；②标记引物与其中的一条链上的互补序列退火；③上海亲子鉴定退火后的引物在耐热DNA聚合酶催化下发生链延伸终止反应。本次循环产生的模板链与延伸终止链形成的双链的产物，在下一轮测序循环中，再次被变性，释放出模板链，作为又一轮引发反应的模板，同时积累下一轮循环产生的链终止产物。上述上海亲子鉴定循环步骤重复20～40次，使链终止产物以线性方式获得扩增。循环测序采用耐热DNA聚合酶，上海亲子鉴定测序反应可以进行多次循环，因此循环测序是以双脱氧链终止法为基础的标准DNA测序方案，在方法学上是一个巨大的进步。