若以对应姐妹染色单体的等位基因为模板合成的错配链一直延伸到小卫星重复序列的侧翼区，涉及侧翼序列SNP基因座；则这种重排导致小卫星重复单位和SNP基因座共同发生等位基因间转换，称为等位基因共转(coconversion)。这种等位基因结构重排方式较少见，在极少数情况下，异源链的合成可能导致Holli-day连接结构的形成，使小卫星重复单位的变化依同源重组方式进行。

    对CEBI(D2S90)小卫星的研究，发现配子细胞中，上海亲子鉴定等位基因转换和重排引起的突变率要比传统概念的配子不等交换突变高70倍，因此认为等位基因重排是小卫星的多态性形成的主要原因。男性配子基因转换突变率远高于女性配子，试验数据屁示男性配子突变率13%，女性仅0.4%。对上海亲子鉴定小卫星和侧翼SNP标记的基因共转换观察，也发现转换事件与侧翼SNP的某种单倍型有明显的关联，推测小卫星序列的基l斟转换重排可能受到侧翼DNA序列的调节。